Haanja Mittetäielik Keskkool asutati 1944. aastal Eesti Vabariigi aegsesse Haanja Turistide Kodu hoonesse.
Õpilaste arv on Haanja koolis tema ajaloo kestel kõikunud 100-130 vahel. Koolil puudus aastatel 1944-1964 oma hoone. Tihti tuli jagada ruume turistidega nii, et öösel olid ruumides turistid, päeval õpilased.
1964. aastal valmis Haanja külanõukogu hoonele juurdeehitus, mis koos vana hoonega anti koolile. Sellest ajast alates on koolil oma põhihoone olemas.
1974. a omistati koolile Kasaritsa vallast pärit revolutsionääri, Ukraina NSV haridusministri asetäitja Jaan Räppo nimi. Haanja kool oli esimene tuntud isiku nime kandev kool tolleaegses Võru rajoonis.

Koolihoone pilt 1970ndatest.

Aastatel 1981-1986 tegutses koolis õpilasorkester Hendrik Juurikase juhtimisel.
1985-2008-aastatel edendas koolis sporditegevust ning kujundas kooli staadioni Harri Neem.
1988. aastal nimetati kool ümber Haanja 9-klassiliseks Kooliks ja alates 1991. aastast sai temast Haanja Põhikool.
1992. aastal alustas koolis tööd arvutiklass Jukudega keldrikorrusel Lembit Pähnapuu juhtimisel.
1994. aasta sügisel peale kooli 50. aastapäeva tähistamist hakati koolimajale ehitama juurdeehitust, mis valmis detsembris 1996 ning avati pidulikult 15. jaanuaril 1997.
Alates 1997. aastast õpetab õpetaja Kersti Leit õpilastele võru keelt.
1999. aastal omistati lastevanemate ettepanekul õpetaja Malle Truijale õpetaja Lauri tiitel.

Koolimaja aastal 1999.

Alates 2000. a 23. veebruarist antakse välja kooli infolehte, mis on täna kättesaadav kooli kodulehel.
1. septembril 2000 alustas tööd ühine Haanja-Ruusmäe Põhikool, üheksa klassiga nii Haanjas kui ka Ruusmäel.
2000. aastast tegutseb koolis edukalt noorkotkaste ja kodutütarde rühm. Rühma loojaks oli Airika Saamo. Ajavahemikus 2002-2014 oli rühmajuhiks õpetaja Maire Nirk. Alates septembrist 2014 on rühmajuhiks Kadri Parts.
2001. aastal kirjutas õpetaja Ara Bander koolile oma laulu, mida lauldakse igal kooli tähtsamal üritusel ühislauluna.
2001. aastal avati Haanja koolis treener Laur Lukini (kuni 2008) käe all suusaklass, mille eesmärgiks on noorte tippsportlaste kasvatamine. Täna on treeneriks Kadri Parts.
2005. aastal valmis kooli söökla.
2005. aastast alates on Haanja kool Tervist Edendav Kool.
Aastatel 2005-2009 töötas koolis Võru Muusikakooli filiaalina pärimusmuusikaklass.
2006. aastal valmis kooli juurdeehitusena külmsaal, mida kasutatakse spordisaalina.
2007. aastal läks kool üle e-koolile.
2007. aastal sai õpetaja Maire Nirk Võrumaa aasta õpetajaks ja Laur Lukinit autasustati elutöö preemiaga.
2007. aastast alustati iga-aastase Haanjamaa legendi tegevustega õp Malle Truija juhendamisel.
2008. aastal alustas tegevust robootikaring õpetaja Triinu Grossmanni juhendamisel.
2011. aastal valmisid koolimaja sööklaosa peale ehitatud lasteaiaruumid ning kool ja lasteaed ühinesid üheks haridusasutuseks nimega Haanja Kool.
2013. aasta emakeelepäeval tunnustati meie kooli Hindätiidmise avvuhinnaga ning uue õppeaasta avapäeval, 2. septembril heisati koolimaja ees võrokeste lipp.
2014. aastal sai õpetaja Triinu Grossmann Võrumaa aasta õpetajaks.
2014. aastal anti õpetajate meenutuste põhjal kooli 70. juubeli puhul välja brošüür “Haanja kool läbi aegade”.
Alates 2015. a tegutsetakse eTwinningu projektides nii kodu- kui ka välismaal.
2016. aastal valmis multifunktsionaalne spordiväljak.
2017. aasta kevadel tunnustati HITSA poolt kooli nelja tärniga kui digitaalselt aktiivset.
2017. aasta sügisel sai õpetaja Triinu Grossmann eTwinningu projektile riikliku kvaliteedimärgi.
2018. aasta kevadel anti SA Archimedese poolt koolile eTwinningu kooli märk.
2018. a LEGO Education Teacher Award Eesti konkursi võitja informaatika- ja robootikaõpetaja Triinu Grossmann viis Haanja Kooli maailmakaardile ettekandega Bostonis.
2019. aasta suvel avati koolistaadioni kõrval Harri Neeme 100. sünniaastapäeva puhul tema nimega pink.
2019. aastal anti õpetajate viimase viie aasta meenutuste põhjal kooli 75. juubeli puhul välja brošüür “Haanja kool läbi aegade II”.

Oma ajaloo vältel on Haanja Kool kandnud järgmisi nimesid: